Una de las causas de la contaminación de la Laguna de Mar Chiquita son las bacterias fecales del “Suquía”, desde “Bajo Grande” determinan la responsabilidad a la municipalidad de Córdoba. Los estudios evidencian la existencia de contaminantes en la laguna.
Se detectaron altos niveles de contaminación en la desembocadura del Suquía. El doctor Hugo Pizzi afirmó que el “Bajo Grande” está contaminando todo el trayecto del Río Suquía hasta la desembocadura en la Laguna Mar Chiquita.
Había ciertos indicadores que evidenciaban la contaminación, como determinado olor, muchas burbujas en la orilla, el agua muy oscura, los peces de la alguna estaban totalmente contaminados y si las personas se meten en la laguna las bacterias podrían ocasionar problemas en las personas.
La falta de inversión es un factor por el cual la materia fecal termina en la laguna de Mar Chiquita.
Investigadores identificaron en el agua la presencia de componentes ligados a agroquímicos y a residuos de la actividad industrial y urbana. El trabajo aclara que los niveles hallados no son letales para los seres humanos pero si lo podrían ser en un futuro, pero si ya presentan un riesgo para la flora y fauna del lugar.
Con el trabajo realizado, detectaron componente de plaguicidas de uso agropecuario.
También se constataron contaminantes provenientes de la actividad industrial y de la vida humana, que estiman que son acarreados por los ríos, ya que la laguna se nutre de los ríos Suquía y Xanaes, desde Córdoba y el Dulce desde Santiago del Estero.
Se analizó la presencia de “endosulfán”, que es un plaguicida organoclorado que se utilizada para combatir la chinche en la soja.

Para dicho trabajo se tomaron muestras en diferentes meses de agua, sedimentos, partículas en suspensión y en los tejidos de peces.
Los especialistas recomiendan una política integral que minimice los contaminantes que lleguen desde las ciudades por el río Suquía, además de evitar pulverizaciones aéreas de cultivos en sitios cercanos a los ríos y la laguna y el control de los agroquímicos que se utilizan.